蕨类植物的基因组较大，可以拥有多达720对染色体，包含多达1480亿个碱基对的DNA序列（Gb）。相比之下，第一个完成基因组测序的植物——拟南芥（Arabidopsis thaliana）只有5对染色体，基因组大小为0.135 Gb。

研究人员选择了两种基因组较小的蕨类植物Azolla filiculoides（0.75 Gb）和Salvinia cucullata（0.26 Gb）进行测序。这两种蕨类植物都具有非常有趣的特征。例如，Azolla被认为在数千万年前对降低地球温度发挥了重要作用。大约在5000万年前，Azolla覆盖了北极的海域，从大气中清除了大量二氧化碳，使极地温暖的温室地球变成了如今极地冰雪覆盖的模样。Azolla还可以用作水稻田中的“绿肥”，它含有固氮微生物，可以从大气中捕获氮元素。与其他大部分植物-微生物共生关系不同，Azolla整个生命周期都与固氮蓝藻相关，且当其繁殖时会将共生菌从亲代传给子代。该研究小组鉴定了几个Azolla与共生菌相互作用的基因。

蕨类植物也善于抵御昆虫。研究人员鉴定了S. cucullata中编码杀虫蛋白的基因，发现这些基因并不是由植物祖先进化而来，而是来自细菌。这说明基因可以在生物体之间自然迁移。

未来，蕨类植物学家还希望对其他蕨类植物的基因组进行测序，并解开蕨类植物更多的秘密。